In muzeul de istorie sunt expuse dovezi ce demonstreaza continuitatea si unitatea poporului roman. O atentie deosebita se acorda marturiilor privind viata oamenilor in spatiul carpato-dunarean si caracterul latin al limbii romane.
Muzeul expune obiecte arhiologice, mai ales neolitice, descoperite in diferite puncte din apropierea Blajului, cu precadere obiecte din ceramica. Acestea dovedesc prezenta aici a unei populatii sedentara de agricultori inca din secolele VI-II i.e.n ( populatia autohtona tracica).
Sunt prezente de asemenea obiecte dacice apartinatoare secolelor V-I i.e.n.. Interesante sunt si obiectele descoperite in necropolole scitice si celtice. Este expus si un frumos vas sciticde la Cracinelul de Jos.
Printre exponatele din Dacia Romana (sec. II-III e.n.) se remarca un altar funerar dedicat lui Iupiter Optimus Maximus, descoperit in asezarea romana Biia.
Poate fi vazuta si o veche tiparnita de lemn cu care s-a tiparit la Alba Iulia in anul 1648 Noul Testament. Ea a fost transferata la Blaj in anul 1747. Timp de o suta de ani, pana in anul 1850, de sub teascurile ei au iesit la lumina o multime de carti valoroase. Alaturi de tiparnita sunt expuse: presa anexa, matritele de lemn, xilografiile, precum si unele dintre primele editii ale operelor reprezentantiilor „Scolilor Ardelene”. Cea mai veche carte tiparita la Blaj aflata in patrimoniul muzeului se numeste Strasnic si este din anul 1753. Pe langa alte documente valoroase se numara si Registrul Tipografiei, in original, cu date si informatii referitoare la toate tipariturile executate.
Tot aici sunt prezentate si manuale scolare vechi, matricole scolare vechi de peste 200 de ani, certificate scolare in original, acte ce arata legaturile culturale ale dascalilor blajeni cu tarile romane.
Muzeul pastreaza si armele unui tribun al lui Avram Iancu: sabia, lancea si pusca cu cremene.
Tot de Muzeul de Istorie „Augustin Bunea” apartine si colectia de icoane pe lemn, care dezvaluie sacramental si religios o parte a Transilvaniei profunde, cu ritualuri iconografice specifice secolului al XVIII-lea. Cele 40 de icoane de lemn, alfalte in zestrea culturala a Blajului, au fost realizate in cele mai importante centre de iconri din tara.
Curcea lui Avram Iancu a fost transferata in muzeu de pe Dealul Crucii in anul 2002. A fost conservata si a intrat intr-un amplu proces de restaturare.
La muzeul din Blaj poate fi vazut si un fragment din Piatra Libertatii, aflata initial pe Campia Libertatii, care a fost aruncata in aer in 1908.
